Origine et signification Cette rivière, d’une longueur de 27 km, coule en Gaspésie. Elle prend sa source dans le territoire non organisé de Mont-Albert, traverse la municipalité du village de Marsoui du sud au nord en faisant un court détour sur le territoire de la municipalité de La Martre, puis parcourt ses derniers kilomètres en plein cœur du village de Marsoui avant de se jeter dans l’estuaire maritime du Saint-Laurent. Elle reçoit les eaux du ruisseau Hentley, du ruisseau Deschênes, de la rivière Marsoui Est et du ruisseau à Moïse. La partie de la rivière Marsoui située en amont de sa confluence avec la rivière Marsoui Est est parfois nommée Rivière Marsoui Ouest.
Le nom Marsoui a été relevé pour désigner ce cours d’eau dès le XVIII^e siècle, sans générique (1755, 1759, 1771) ou avec un générique anglais (1780). On a relevé la forme avec un générique français à compter du XIX^e siècle (1884), puis la forme plurielle Marsouis au XX^e siècle (1903). Le nom Marsouin, parfois Marcouin, a également été relevé à compter du XIX^e siècle, avec un générique anglais (1815, 1858) ou avec un générique français (1845, 1861). Dès lors, l’usage de Marsouin a concurrencé celui de Marsoui. Les deux graphies ont continué de coexister jusque dans les années 1950, lorsque Marsoui a supplanté définitivement Marsouin, notamment grâce à l’adoption du nom officiel par la Commission de géographie du Québec.
Alors que la signification du nom Marsouin laisse peu de place à l’interprétation, celle de Marsoui est plus nébuleuse. Une hypothèse répandue rapproche le nom Marsoui du mot micmac signifiant « silex » (« pierre-à-feu »). Celle-ci se base principalement sur le Vocabulaire de quelques mots de la langue micmaque, rédigé par Joseph Hamel en 1833, dans lequel figure le mot marséoui. Des doutes ont toutefois été émis relativement à l’origine micmaque de ce nom. En 1936, E.-B. Deschênes disait à propos de cette hypothèse que « [l]a ressemblance d’un terme d’une langue avec celui d’une autre ne se [résout] pas toujours par sa provenance d’un idiome étranger ».
Si la présence de silex est attestée dans la région de Marsoui, celle de bélugas, aussi appelés marsouins blancs, l’est tout autant dans les eaux qui font face au village.

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